Pe teritoriul actualei Republici Moldova au existat edificii de cult aparținând diferitor confesiuni religioase.
Astfel, lângă satul Butuceni arheologii au descoperit rămășițele unui sanctuar geto-dacic de formă circulară, datat, probabil, cu secolele III-II înainte de Hristos. În apropiere de acest sanctuar, tot în cadrul rezervației Orheiul Vechi, încă în anii 50 ai sec.XX au fost dezgropate ruinele moscheei, mihrabului, caravanseraiului și băilor orașului medieval tătăresc, cunoscut sub numele de Șerh-al-Djeadit (sec.XIV). Edificii de cult musulmane au existat în orașul Tighina, fostă raia otomană, la Căușeni (capitala tătarilor din Bugeac), la Cetatea Albă, unde și astăzi se înalță un minaret construit încă de turci.
La Rașcov, în Transnistria pot fi văzute ruinele unei impunătoare sinagogi evreiești, construite, probabil în sec. XVII-XVIII. Edificii, datorate cultului mozaic există și astăzi la Chișinău, Orhei, Soroca și în multe alte localități urbane ale Republicii Moldova.
În ceea ce privește religia creștină, căreia îi sunt datorate marea majoritate a edificiilor de cult din Republica Moldova, trebuie de spus că ea a fost îmbrățișată de populația ținutului într-o epocă destul de îndepărtată, anterioară chiar apariției statalității. Spre deosebire de alte popoare creștine (armeni, ruși, franci) românii din Moldova, Țara Românească sau Transilvania nu au o dată cronologică exactă care ar marca trecerea lor la creștinism. Întemeierea statelor feudale românești are lor deja într-un mediu creștin.
Este lesne de presupus, că pe teritoriul Basarabiei creștinismul pătrunde încă în primele secole ale erei lui Hristos, fiind adus de misionarii de la sud de Dunăre, în special de cei din Dobrogea actuală (fosta Sciția-Minor). Numele sfinților Ioan Casian, a lui Sava Gotul, a lui Niceta din Remesiana, a celor 60 de martiri de la Tomis, probează existența unei vieți creștine intense în această parte a Europei. Surse literare concludente în această privință pot fi găsite și în celebrul tratat "De administrando imperio" a împăratului bizantin Constantin Porfirogenetul (sec.X după Hristos). Scriind despre orașele de pe malul drept al Nistrului (Aspron, Tungatî, Cracnacatî ș.a.) augustul autor menționa existența în regiune a unor biserici rupestre părăsite și a unor cruci săpate în piatră. Informația parvenită de la împăratul bizantin își găsește confirmarea deplină în existența celor peste patruzeci de complexe monastice rupestre, situate în bazinul Nistrului.
Din punct de vedere tipologic, edificiile de cult din Republica Moldova prezintă o varietate destul de mare. În afară de schituri, mănăstiri rupestre și complexuri monastice (mănăstiri cu biserici de vară și de iarnă, acareturi, trapeze, paraclisuri, clopotnițe, încăperi pentru chiliile călugărilor, anexe mănăstirești, grădini și livezi înconjurătoare), există și biserici parohiale urbane și rurale. Bisericile urbane sunt în majoritate din piatră sau cărămidă, tencuite la suprafață, cu clopotnița lipită sau de sine stătătoare. La sate se mai găsesc în număr mic, - deși în sec.XVIII ele erau majoritare, - biserici de lemn, construite pe parcursul sec. XVIII-XIX, acoperite la suprafață cu nuiele sau căptușite cu scânduri. Numărul lor este redus, întrucât materialul în care au fost executate este cu mult mai puțin rezistent decât piatra, și cade deseori pradă incendiilor și distrugerilor mecanice. Bisericile mai importante din orașe pot avea statutul de catedrale metropolitane. Atât la mănăstiri, cât și în localitățile urbane există paraclisuri, uneori cu valoare comemorativă (cum este cazul Paraclisului din Chișinău, dedicat memoriei voluntarilor bulgari).
Marea majoritate a bisericilor și toate mănăstirile Republicii Moldova sunt ortodoxe, dar există (în special la orașe) și edificii de cult ale creștinilor catolici, luterani, armeni-gregorieni, precum și edificii inițial construite ca clădiri laice, dar devenite cu timpul locuri de rugăciune a diferitor confesiuni de origine reformată sau protestantă (baptiști, adventiști, martori ai lui Iehova, mormoni etc.) Întrucât arhitectura acestor clădiri a fost de factură laică și nu conține elemente distinctive pentru arhitectura religioasă, ele nu sunt prezentate în cadrul acestui compartiment.