Este imposibil de stabilit datarea exactă a primelor biserici din piatră basarabene. Judecând după dezvoltarea a vechilor orașe medievale ale Moldovei putem conchide că la Cetatea Albă, Soroca, Tighina și Orhei au existat biserici de piatră de o vechime considerabilă. Astfel, biserica "grecească" din Cetatea Albă (Ucraina de astăzi) este una din cele mai timpurii locașuri basarabene conservate până astăzi. În cadrul Cetății Soroca și a Cetății Albe au existat de asemenea paraclise integrate organic în arhitectura defensivă a fortificațiilor medievale. Din perioada de domnie a lui Petru Rareș datează și biserica de vară cu hramul Adormirea Maicii Domnului de la mănăstirea Căpriana.
Unul din monumentele cele mai importante ale Orheiului actual, îl prezintă ctitoria domnitorului Vasile Lupu - biserica cu hramul Sfântul Dumitru, construită la 1636. Pronaosul și naosul acestei biserici păstrează și astăzi sistemul de boltire tradițional, bolta absidei fiind în formă de semicalotă. Cei drept, turnul - clopotniță alipit și tamburul cu bulb de pe coama acoperișului bisericii sunt de datare mai recentă.
În vecinătatea orașului Tighina se află orășelul Căușeni, vechea capitală din sec. XVII - XVIII a tătarilor stepelor Bugeacului. Căușenii sunt renumiți datorită picturilor murale din interiorul bisericii Adormirea Maicii Domnului. Datarea acestei biserici este destul de incertă, invocându-se diverse ipoteze privitoare la etapa inițială de înălțare a locașului. Cert este faptul, că pe locul actualei biserici semiadâncite în pământ a existat cândva o biserică mai veche de lemn, pomenită în pisania românească din interiorul pronaosului. Cert este și faptul, că picturile murale de aici au fost realizate în tehnica frescei bizantine de zugravii Stanciul, Radu și Voicul în intervalul de timp cuprins între anii 1763 - 1767, ctitori ai bisericii fiind mitropolitul Proilaviei Daniel și domnitorul Moldovei Grigore Callimachi. Din punct de vedere tipologic biserica veche de la Căușeni urmează planurile bisericilor dreptunghiulare, cu o singură navă și absidă, de tip bazilical, acoperite cu o boltă "în leagăn".
Vechiul centru al actualei capitale a Republicii Moldova - Chișinău, - este dominat din punct de vedere arhitectonico -urbanistic de trei edificii importante: biserica Nașterea Maicii Domnului (supranumită după numele ctitorului: Biserica Măzărache), biserica "Sfinții Împărați Constantin și Elena" și biserica "Buna vestire", - toate trei situate pe coline nu prea înalte, amplasate pe ambele maluri ale râului Bâc.
Satul Rașcov din Transnistria găzduiește o veche biserică catolică din anul 1749, ctitorie a prințului Liubomirschi, restaurată în anii 80 ai sec. XX. Este vorba de Catedrala (costiolul) Sfântului Caetan, - monument arhitectural singular în panorama edificiilor de cult în marea majoritate ortodoxe de pe teritoriul Republicii Moldova.
Unul din cele mai timpurii monumente de arhitectură religioasă zidite în orașul Bălți este biserica Sfântul Nicolae, construită în anii 1791 - 1795 după proiectul arhitectului austriac Weisman, ctitor fiind (conform unor ipoteze) boierul Gheoghe Panaiot. Din punct de vedere tipologic această biserică urmează planul bazilical, specific mai mult edificiilor romano-catolice.
În anul 1815 este pusă temelia catedralei "Schimbarea la față" din Tighina, iar în 1819 este sfințit pristolul bisericii. Exteriorul acestei biserici este realizat în stilul clasicist rus. Tot din această perioadă (anul 1819) face parte și biserica Sf.Gheorghe din Chișinău, dar în sistemul ei de boltire sau păstrat mai bine principiile vechii arhitecturi medievale moldovenești (sistemul arcelor etajate).
Acordarea Chișinăului în sec.XIX a statutului de capitală gubernială în cadrul Imperiului Țarist și trecerea la Chișinău a reședinței mitropolitane a implicat necesitatea construirii unor edificii de cult cu statut de catedrală. Ideea construcției unei catedrale apare încă în anul 1812 și este un timp promovată de mitropolitul G.Bănulescu-Bodoni. După 5 ani, în anul 1817, a fost prezentat primul proiect al edificiului, care, însă, n-a fost confirmat la Sanct-Petersburg. În anul 1826 general-guvernatorul Basarabiei Mihail Voronțov comandă din nou proiectul catedralei și clopotniței profesorului în domeniul arhitecturii Avraam Melnikov de la Academia de Arte din Sanct-Petersburg. A.Melnikov execută pe parcursul unui an planurile viitorului edificiu realizat într-o manieră neoclasicistă, cu patru porticuri dorice bine profilate. Lucrările de construcție a Catedralei din Chișinău au durat timp de șase ani - din anul 1830 până în 1836.
O catedrală apropiată din punct de vedere stilistic, construită cam în aceeași perioadă, putem găsi și în orășelul Bolgrad din sudul Basarabiei (astăzi teritoriu ucrainean). Influența clasicismului, neoclasicismului și a stilului "empire" rusesc se resimte și în construcțiile bisericilor de piatră din incintele mănăstirilor basarabene. Astfel, biserica Înălțarea Domnului a mănăstirii Hârjauca, deși nu dispune de porticuri dorice, dar are mult în comun cu planimetria și cu profilarea detaliilor arhitecturale a catedralei din Chișinău.
Frontiera secolelor XIX și XX în arhitectura basarabeană este profund marcată de personalitatea arhitectului Alexandru Bernardazzi, - arhitect principal al Chișinăului și autor sau coautor a mai mult de 30 de edificii situate doar pe teritoriul actualei Republici Moldova, și a multor altora la Odesa, în Caucaz, etc. Epoca în care a trăit Bernardazzi era o epocă de înflorire a "stilului eclectic" în arhitectură. Din acest motiv în arta lui putem găsi elemente specifice arhitecturii italiene, bizantine sau ruse vechi. Dintre bisericile executate la Chișinău după planurile lui Alexandru Bernardazzi merită să fie menționate biserica Sfântului Panteleimon (1891) (supranumită, după naționalitatea ctitorilor ei Victor și Ion Sinadino, drept "biserică greacă" și executată în stil neobizantin), Capela Gimnaziului de Fete, executată într-un stil pseudo-rus, care poartă actualmente hramul Sf. Teodora de la Sihla (1895).
La Ungheni, în anul 1905 este înălțat după proiectul aceluiași arhitect Paraclisul în memoria kneazului Aleksandr Nevski. Tipic eclectic, cu elemente împrumutate din arhitectura rusă veche, din stilul pseudogotic și din cel neobizantin, acest paraclis, de formă circulară, nu este nimic altceva decât o amplificare volumetrică, la nivelul întregului edificiu, a cilindrului tamburelor bisericilor ortodoxe.
Alt arhitect cunoscut, care a lucrat în Basarabia a fost chișinăuianul Alexei Șciusev. Lui i se datorează planul bisericii Sfânta Treime din satul Cuhureștii de Sus și planul construcțiilor adiacente. Ansamblul din Cuhurești a fost realizat într-un stil neobizantin cu utilizarea decorului reliefat prin alternanța rândurilor de piatră și de cărămidă.
Aceleiași perioade - anului 1914 - îi datorăm și construirea bisericii Sfântului Teodor Stratilatul din or.Soroca, concepute într-un stil eclectic, cu utilizarea multiplelor turnuri și turnulețe în decorarea exterioară. De factură eclectică este și biserica Sfântului Dumitru din Cahul (1898).
În perioada interbelică, cele mai importante construcții de lăcașuri se fac la Bălți. Astfel, în 1934 este finalizată Catedrala Sfinții Împărați Constantin și Elena, iar în 1933 este înălțată, la insistențele episcopului de Hotin Visarion Puiu, biserica Sfânta cuvioasă Parascheva, care prin ferestrele oblice ale tamburelor turlelor mici, imită biserica episcopală de la Curtea de Argeș, unde pe timpuri a păstorit sus pomenitul episcop.
Interesante edificii de cult au construit și armenii gregorieni din Basarabia. La Orhei, Cetatea Albă, Bălți, Hâncești și Chișinău au existat biserici armenești ce datează din sec. XIX, sau chiar din perioade anterioare acestui veac.
La începutul sec. XX la Bălți se construiește biserica Sf. Grigore Iluministul, iar la Chișinău în anul 1916, ctitorul A.Hacikianț zidește biserica Învierea Mântuitorului, de lângă cimitirul armenesc din Valea Trandafirilor. Tot la Chișinău, în anii 70 ai sec. XX este reconstruită și restaurată de arhitectul A.E.Ambarțumian vechea biserică armenească a Maicii Domnului, construită încă la 1803.
Perioada care a urmat anului 1945, nu a fost prielnică construcției locașurilor de piatră pe teritoriul Republicii Moldova. Abia după anul 1989, odată cu liberalizarea și restructurarea gorbacioviste, a devenit posibilă construcția a noi biserici din piatră. Ultimul deceniu al sec. XX s-a scurs sub semnul reîntoarcerii la autenticele valori spirituale creștine, comune majorității locuitorilor republicii. Acestei reîntoarceri i-a corespuns reîntoarcerea la funcțiile lor firești a marii majorități a locașelor basarabene și transnistrene, până atunci închise sau adaptate altor scopuri.